Perintisan pendirian Sekolah Tinggi Kesehatan (Stikes) Jenderal Achmad Yani Yogyakarta diawali dengan terbitnya surat tugas Ketua Umum YKEP tanggal 25 Desember 2005 tentang tim pendirian Stikes Jenderal Achmad Yani Yogyakarta. Pada tanggal 15 Juni 2006 terbit Surat Keputusan Mendiknas nomor: 084/DE/O/2006 dan izin penyelenggaraan dari Departemen Kesehatan Republik Indonesia nomor: HK-03-241-02054 tentang Rekomendasi Penyelenggaraan Program Studi Ilmu Keperawatan (S-1) dan nomor: HK-03-241-02053 tentang penyelenggaraan Program Studi Kebidanan (D-3). Mengacu pada terbitnya Surat Keputusan Mendiknas tanggal 15 Juni dijadikan tonggak sejarah lahirnya Stikes Jenderal Achmad Yani Yogyakarta. Stikes Jenderal Achmad Yani Yogyakarta pada awalnya berada di jalan Kapten Haryadi Lojajar Sinduharjo Ngaglik Sleman Yogyakarta, kemudian pada tahun 2007 pindah ke jalan Brawijaya Ringroad Barat Ambarketawang Gamping Sleman Yogyakarta.
Pada tahun 2011 dibuka prodi baru sesuai dengan Keputusan Mendikbud RI nomor 252/E/O/2011 tanggal 10 November 2011 tentang izin penyelenggaraan program studi Pendidikan Profesi Ners. Tahun 2013, terdapat penambahan satu program studi yaitu Perekam Medis dan Informasi Kesehatan berdasarkan Keputusan Mendikbud RI nomor 171/E/O/2013 tanggal 30 April 2013 tentang izin penyelenggaraan program studi Perekam dan Informasi Kesehatan (D-3). Pada tahun 2016 ada penambahan 2 prodi baru yaitu berdasarkan Keputusan Menristekdikti RI nomor 177/KPT/I/2016 tanggal 11 Mei 2016 tentang pembukaan program studi Farmasi (S-1) dan Keputusan Menristekdikti RI nomor 380/KPT/I/2016 tanggal 13 September 2016 tentang pembukaan program studi Teknologi Bank Darah (D-3). Sehingga pada tahun 2016 total prodi yang diselenggarakan sebanyak 6 program studi.