Struktur organisasi yang ada di Universitas Jenderal Achmad Yani Yogyakarta sudah sesuai dengan PP No 17 Tahun 2003 Tentang Sistem Pegelolaan dan Penyelenggaraan Pendidikan dan berdasarkan Surat Keputusan Ketua YKEP nomor KEP/22/III/2018 tanggal 7 Maret 2018 tentang Pengesahan Struktur dan Organisasi Universitas Jenderal Achmad Yani Yogyakarta.
| NO | NAMA | JABATAN |
| 1 | Dr. Drs. Djoko Susilo, S.T., M.T. | Rektor |
| 2 | Ida Nursanti, S.Kep.,Ns.,MPH | Wakil Rektor I |
| 3 | Wakil Rektor II | |
| 4 | Kuswanto Hardjo, dr., M.Kes. | Dekan Fakultas Kesehatan (FIKES) |
| 5 | Lily Yulaikhah, S.Si.T., M.Keb | Wakil Dekan I FIKES |
| 6 | Tyasning Yuni Astuti Anggraini,SST.,M.Kes | Wakil Dekan II FIKES |
| 7 | Arif Himawan, S.Kom, M.M. | Dekan Fakultas Teknik dan Teknologi Informasi (FTTI) |
| 8 | Adkhan Sholeh, S.Si., M.Cs | Wakil Dekan II FTTI |
| 9 | Edhy Tri Cahyono, S.Si, M.M. | Dekan Fakultas Ekonomi dan Ilmu Sosial (FES) |
| 10 | Dr. Tri Sunarsih,S.ST.,M.Kes | Ka. LPPM |
| 11 | Rahayu Iskandar, S. Kep, Ners., M.Kep | Ka. LPM |